消化酵素對健康的功效包括：
舒緩腸胃不適：實驗證實，口服酵素可以有效減輕腹瀉與胃腸脹氣的的症狀。從食物中額外補充消化酵素，可以減少體內自行分泌製造內源性酵素，因而減輕腸胃與內臟的負擔，舒緩腸胃的不適症狀。當我們從食物中額外獲得的消化酵素愈多，身體就有更多餘力製造其他種類的酵素參與體內的生化反應(新陳代謝、組織修復….)，身體也會愈健康。
降低乳糖不耐症等消化機能不全：東方人因為遺傳或飲食習慣等因素，喝下牛奶或攝食乳製品容易出現腹瀉、脹氣等乳糖不耐症候群。研究顯示，喝牛奶前，補充乳糖酵素，有助於腸道對乳糖的分解利用，進而減緩乳糖消化不全、脹氣或腹瀉的狀況。
幫助食物分解，促進營養素吸收利用：消化酵素能將食物中的營養成分如蛋白質、脂肪或碳水化合物分解成小分子為身體吸收利用。研究指出，口服消化酵素後，糞便中未被消化的營養素減少，證明消化酵素可改善並促進腸道對營養素的吸收利用。
抗血栓、降血壓、預防心血管疾病：動物實驗證實，鳳梨酵素與木瓜酵素等蛋白質酵素具有對抗血小板凝聚活動的功能(鳳梨酵素的作用較強)，進而達到預防血栓、預防心血管疾病的作用。 抗發炎：動物實驗發現，蛋白質分解酵素如鳳梨酵素能增加身體中血漿、前凝血酵素與抗凝血酵素，因而可以造成纖維蛋白形成減少及纖維蛋白移除增加。藉由改變白血球的轉移與活性達到抗發炎、降低傷口腫脹的作用。鳳梨酵素的抗發炎功效並已應用於醫學領域如外科手術、支氣管炎、心絞痛的治療。 增強腸道與身體的免疫力：鳳梨酵素具有良好的黏膜滲透度，能夠跨越腸道的上皮細胞，可以保護腸道免受細菌感染所引發的發炎反應，增加腸道免疫力，進而提升身體的免疫力。抗腫脹、幫助傷口癒合：數個針對蛋白質酵素所做的研究發現，攝取蛋白質分解酵素的補充品，能夠大幅減輕由於手術引起的腫脹、瘀血與不舒服，並能加速傷口復原的速度。 
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