『功能性消化不良』的發生並沒有明顯的原因，也不需要特別的疾病來造成。
相反地，其成因可能只是一些短暫的問題，一般來說，可以歸納為以下幾個因素：
不當飲食與飲食習慣不佳：吃得太多、太快，太油膩、太辛辣的食物，常常影響胃部消化功能。
而中國人年節容易暴飲暴食，更易導致胃部負擔沉重與腹痛不適。
吃飯時一直講話而吞入太多空氣、喝太多含咖啡因的飲料如：茶與咖啡，也是導致消化不良的原因。
不良的生活習慣：抽煙、喝酒會加重胃部不適症狀。
腸胃蠕動失調：胃的末端與十二指腸蠕動變慢或過快，都會使得消化功能大打折扣。
胃蠕動或胃排空不正常，常常導致上腹部不適。
腸胃知覺過敏：或可解釋為胃的『神經過敏』。
消化不良的人，胃對容量或壓力的忍受度都較正常人差，而十二指腸亦可能出現相同情況。
心理因素：急性的壓力、精神緊張、焦慮或是情緒問題，都容易導致消化不良。
消化運動主要受自主神經系統（交感神經和副交感神經）、胃腸內容物滲透壓及內分泌控制，
當壓力來臨時，體內的交感神經會隨之興奮，血液供應便會集中到心、肺、腦和肌肉等重要器官，
腸胃血流相對減少、唾液胃酸分泌也減少，進而影響消化蠕動。
相反地，其成因可能只是一些短暫的問題，一般來說，可以歸納為以下幾個因素：
不當飲食與飲食習慣不佳：吃得太多、太快，太油膩、太辛辣的食物，常常影響胃部消化功能。而中國人年節容易暴飲暴食，更易導致胃部負擔沉重與腹痛不適。
吃飯時一直講話而吞入太多空氣、喝太多含咖啡因的飲料如：茶與咖啡，也是導致消化不良的原因。
不良的生活習慣：抽煙、喝酒會加重胃部不適症狀。 腸胃蠕動失調：胃的末端與十二指腸蠕動變慢或過快，都會使得消化功能大打折扣。胃蠕動或胃排空不正常，常常導致上腹部不適。
腸胃知覺過敏：或可解釋為胃的『神經過敏』。消化不良的人，胃對容量或壓力的忍受度都較正常人差，而十二指腸亦可能出現相同情況。
心理因素：急性的壓力、精神緊張、焦慮或是情緒問題，都容易導致消化不良。消化運動主要受自主神經系統（交感神經和副交感神經）、胃腸內容物滲透壓及內分泌控制，
當壓力來臨時，體內的交感神經會隨之興奮，血液供應便會集中到心、肺、腦和肌肉等重要器官，
腸胃血流相對減少、唾液胃酸分泌也減少，進而影響消化蠕動。
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