好菌的功能有許多相似的地方，但不同的好菌，也有一些不同且獨特的地方。
常見的重要好菌主要包括：乳酸桿菌屬、比非德氏菌屬（雙叉桿菌屬或稱雙歧桿菌屬）、乳酸乳球菌及嗜熱鏈球菌等。
乳酸桿菌屬（Lactobacillus spp.）：主要存在於小腸後段中，可以抑制小腸中壞菌的生長，保護我們最重要的消化吸收器官─小腸，使它維持蠕動，預防便秘。此外，這一類的好菌有些也具有降低血膽固醇及預防癌症發生的功用。包括：
嗜乳酸桿菌（Lactobacillus acidophilusis）：此菌也常被稱為“A菌”，耐酸性強，抑制害菌，降膽固醇，防止乳糖不耐症，抗癌，治療腹瀉及便秘，減少胃中幽門螺旋桿菌的數量。
雷曼氏乳酸桿菌（Lactobacillus rhamnosus）：預防各種腹瀉，抑制腸道中壞菌的生長，有調節免疫的效果，減少泌尿道感染，有部分研究顯示此菌有助女性陰道健康。
胚芽乳酸桿菌（Lactobacillus plantarum）：主要存在於各種發酵蔬菜中，可促進消化吸收，減輕腸道激燥症的症狀，抑制腸內壞菌生長，預防癌症。
雷曼氏乳酸桿菌（Lactobacillus rhamnosus）：主要存在於大腸中，具有幫助消化、治療便秘及腹瀉、降低血膽固醇、預防癌症及調節免疫力等功用。包括：
. 比非德氏菌（Bifidobacterium bifidum），常被簡稱為“B菌”，防止旅行時水土不服引發的腹瀉，增強免疫力。
短比非德氏菌（Bifidobacterium breve）：大人小孩體內都有，可降低致癌危險，減少壞菌（如大腸桿菌）的危害。
其它好菌：有一些好菌雖然不容易長期居住於腸道中，如嗜熱鏈球菌及乳酸乳球菌等，但是它們的生長速度較快，進入腸道後，可以大量繁殖並快速地生產出大量乳酸，立即有效地抑制腸道中壞菌的生長，並營造出適合乳酸桿菌及比非德氏菌生長的環境。 簡介如下：
嗜熱鏈球菌（Streptococcus thermophilus）：常用於製造乳酪及優格。其優點為生長快速，會產酸，可事先在腸道中創造良好環境，使乳酸桿菌及比非德氏菌，這兩類菌種能有效吸附在腸黏膜上，發揮更優異的效果。防止腹瀉，抗乳糖不耐，促進免疫力，抗癌，抵抗消化道潰瘍。
乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）：存在於發酵乳品中，可產生多種抑制腸內害菌的物質，也可以刺激腸內乳酸菌的生長，維持腸內良好的菌相 。
常見的重要好菌主要包括：乳酸桿菌屬、比非德氏菌屬（雙叉桿菌屬或稱雙歧桿菌屬）、乳酸乳球菌及嗜熱鏈球菌等。
乳酸桿菌屬（Lactobacillus spp.）：主要存在於小腸後段中，可以抑制小腸中壞菌的生長，保護我們最重要的消化吸收器官─小腸，使它維持蠕動，預防便秘。此外，這一類的好菌有些也具有降低血膽固醇及預防癌症發生的功用。包括： 嗜乳酸桿菌（Lactobacillus acidophilusis）：此菌也常被稱為“A菌”，耐酸性強，抑制害菌，降膽固醇，防止乳糖不耐症，抗癌，治療腹瀉及便秘，減少胃中幽門螺旋桿菌的數量。 雷曼氏乳酸桿菌（Lactobacillus rhamnosus）：預防各種腹瀉，抑制腸道中壞菌的生長，有調節免疫的效果，減少泌尿道感染，有部分研究顯示此菌有助女性陰道健康。 胚芽乳酸桿菌（Lactobacillus plantarum）：主要存在於各種發酵蔬菜中，可促進消化吸收，減輕腸道激燥症的症狀，抑制腸內壞菌生長，預防癌症。 雷曼氏乳酸桿菌（Lactobacillus rhamnosus）：主要存在於大腸中，具有幫助消化、治療便秘及腹瀉、降低血膽固醇、預防癌症及調節免疫力等功用。包括：. 比非德氏菌（Bifidobacterium bifidum），常被簡稱為“B菌”，防止旅行時水土不服引發的腹瀉，增強免疫力。 短比非德氏菌（Bifidobacterium breve）：大人小孩體內都有，可降低致癌危險，減少壞菌（如大腸桿菌）的危害。 其它好菌：有一些好菌雖然不容易長期居住於腸道中，如嗜熱鏈球菌及乳酸乳球菌等，但是它們的生長速度較快，進入腸道後，可以大量繁殖並快速地生產出大量乳酸，立即有效地抑制腸道中壞菌的生長，並營造出適合乳酸桿菌及比非德氏菌生長的環境。 簡介如下： 嗜熱鏈球菌（Streptococcus thermophilus）：常用於製造乳酪及優格。其優點為生長快速，會產酸，可事先在腸道中創造良好環境，使乳酸桿菌及比非德氏菌，這兩類菌種能有效吸附在腸黏膜上，發揮更優異的效果。防止腹瀉，抗乳糖不耐，促進免疫力，抗癌，抵抗消化道潰瘍。 乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）：存在於發酵乳品中，可產生多種抑制腸內害菌的物質，也可以刺激腸內乳酸菌的生長，維持腸內良好的菌相 。 
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